1989, 14 февраля — все войска СССР выведены с территории Афганистана; республике передано всё их имущество и недвижимость. Последним, как утверждается, 15 февраля страну покинул командующий 40-й армией генерал-лейтенант Б. Громов.
1989, конец февраля — в Пешаваре шура представителей афганской оппозиции избрала председателем так называемого «Переходного правительства моджахедов» лидера «Альянса семи» Себгатуллу Моджаддеди. Оппозиция начала широкомасштабные боевые действия против коммунистического режима.
1990, 6 марта — путч министра обороны халькиста генерала Таная, который вступил в резкую военную конфронтацию с президентом Наджибуллой. Впоследствии бежал в Пакистан, перешёл на сторону талибов.
1991, 15 ноября — министр иностранных дел СССР Б. Панкин дал официальное согласие на прекращение с 1 января 1992 военных поставок правительству в Кабуле.

Основная статья: Гражданская война в Афганистане (1992—1996)

1992, 27 апреля — отряды исламской оппозиции вошли в Кабул, а 28 апреля в столицу прибыл Себгатулла Моджаддеди и в присутствии иностранных дипломатов получил власть из рук вице-президента прежнего режима. Он стал президентом Исламского Государства Афганистан, а также главой Совета Джихада (комиссии из 51 члена, назначенных в соответствии с Пешаварскими Соглашениями).
1992, 6 мая — на первом заседании Совета Лидерства принято решение о роспуске прежнего кабинета министров, возглавляемого Ф. Халекьяром. Распущен Национальный Совет, партия «Ватан» запрещена, а её имущество конфисковано. Все законы, противоречащие исламу, объявлялись потерявшими силу. Первые декреты новой власти указывали на установление в стране исламской диктатуры: закрыты университет и все развлекательные заведения, в госучреждениях вводились обязательные молитвы, запрещены все антирелигиозные книги и алкоголь, женщины оказались существенно урезаны в правах. В том же году Моджаддиди передал власть таджикской этнической группировке Бурхануддина Раббани. Однако гражданская война на этом не закончилась. Пуштунские (Гульбетдин Хекматиар), таджикские (Ахмад Шах Масуд, Исмаил-хан) и узбекские (Абдул-Рашид Дустум) полевые командиры продолжали сражаться между собой.

К концу 1994 года авторитет Раббани как общенационального лидера настолько ослаб, что его правительство прекратило практически своё существование. Исчезла даже слабая видимость централизованного руководства. Страна по-прежнему была поделена по этническому принципу, наблюдалась классическая картина феодальных междоусобиц. Произошла полная децентрализация государственного управления, прежние экономические связи были нарушены. В этой ситуации среди пуштунов зародилось новое исламистское радикальное движение — группировка «Талибан» под руководством муллы Мохаммада Омара.

Основная статья: Гражданская война в Афганистане (1996—2001)

1996, 26 сентября — талибы выдвигаются из Сароби в сторону Кабула и захватывают его ночным штурмом. Официально объявлено, что город взят без боя. Прежнее правительство Раббани — Хекматиара спасается бегством и уходит в вооружённую оппозицию. По сути, речь идёт о приходе к власти исламских радикальных группировок, так как другие антиправительственные группировки к тому времени явно уступают радикалам в вооружении, численности и организованности.
1996, 27 сентября — талибы полностью заняли Кабул . Экс-президент Наджибулла и его брат Ахмадзай, скрывавшиеся в здании миссии ООН, были схвачены и публично повешены на одной из площадей столицы.