Аль-Хусейни принял активное участие в организации еврейских погромов в 1929 г. Он председательствовал на Всемирной Исламской конференции в 1931 году, в ней приняли участие 22 исламские страны[5].

В 1936 году аль-Хусейни встречался со швейцарским банкиром Франсуа Жено (англ.)рус., позже ставшим известным как финансист нацистской Германии на Ближнем Востоке[6]. Согласно Чаку Морзе, нацисты финансировали аль-Хусейни во время арабского восстания 1930-х гг. в Палестине[7].

11 февраля 1936 г., выступая на первом заседании созданной им по образцу Гитлерюгенда[8] юношеской организации «Al Futuwwah», он отметил, что Гитлер начал с 6 последователей, а теперь у него 60 миллионов. «Al Futuwwah» стала основной арабской подпольной группой как в ходе беспорядков 1936—1939 гг., так и в 1948 году[9].

В начале Второй мировой войны британские власти сместили аль-Хусейни с поста муфтия. Он бежал, но продолжал руководить арабским восстанием из Дамаска и Бейрута. В 1940 г. аль-Хусейни отправился в Ирак, где принял участие в прогерманском антибританском перевороте Рашида аль-Гайлани в 1941 г. После подавления переворота англичанами он жил в Италии, а затем в нацистской Германии, где получал от её правительства 50 000 марок в месяц[11][12].

28 ноября 1941 года в Берлине состоялась встреча аль-Хусейни и Гитлера. Как сообщалось в сводке новостей из Берлина, «фюрер приветствовал Великого муфтия Иерусалима, одного из наиболее выдающихся представителей арабского национального движения». В ходе встречи аль-Хусейни называл Гитлера «защитником ислама", а тот, в свою очередь, пообещал муфтию «уничтожить еврейские элементы на Ближнем Востоке"[13]. Аль-Хусейни сказал Гитлеру, что Германия и арабы — естественные союзники, так как имеют общих врагов — англичан, евреев и коммунистов. Аль-Хусейни пообещал организовать панарабское восстание и предложил создать Арабский легион в германской армии. Гитлер пообещал упразднить «еврейский национальный очаг» в Палестине и предоставить арабам независимость после войны (однако официально такого заявления сделано не было)[14][15]. Согласно раскрытым в 2010 году данным спецслужб США, Гитлер пообещал аль-Хусейни, что немецкие войска, передислоцированные с Кавказа, и Африканский корпус «освободят арабов на Ближнем востоке», и что «главной целью Германии будет уничтожение евреев"[12].

Амин аль-Хусейни помог сформировать эсэсовскую дивизию из югославских мусульман-боснийцев (13-ю горную дивизию СС «Ханджар»)[2].

В дополнение к этому он предложил создать под эгидой Вермахта многотысячный Арабский легион. В 1943 году он лично обратился к рейхсминистру иностранных дел Риббентропу, требуя предотвратить эмиграцию 5000 еврейских детей из Болгарии в Палестину. Он настаивал на бомбардировке Тель-Авива, требовал высадить в Палестине немецких парашютистов. 1 марта 1944 года по «Радио Берлина» муфтий призвал весь исламский мир вести джихад против евреев. Он заявил: «Арабы! Вставайте, как один и боритесь за ваши священные права. Убивайте евреев, где вы только их ни найдете. Это угодно Богу, истории и религии. Это спасет вашу честь"[2].

Хорошие отношения с нацистами муфтий сохранил и в послевоенную эпоху. Среди его близких друзей известен, например, Йоханн фон Леерс, идеолог ведомства Геббельса

В 1946 г. он бежал и поселился в Каире. После поражения арабов в 1948 г. аль-Хусейни сформировал в Газе (занятой египетскими войсками) «всепалестинское правительство», однако оно не имело никакой реальной власти и вскоре было распущено. В дальнейшем аль-Хусейни жил в Каире и Бейруте, занимаясь политической деятельностью панисламистского характера

Я ничуть не сомневаюсь, что если бы муфтий не злоупотреблял своей огромной властью, а правительство не терпело бы его выходки в течение пятнадцати лет, то арабы и евреи уже давным-давно достигли бы взаимопонимания в контексте мандата.