Известен публикациями по вопросам теории управления (см. Концепция «Делократия»), истории СССР, а также поддержкой различных теорий заговора (еврейский, лунный и др.).
В своих работах Юрий Мухин критикует многие общепринятые исторические положения, выдвигает собственные общественные, исторические и философские теории, а также поддерживает различные теории заговора.

Среди основных идей, поддерживаемых Юрием Мухиным:

Делократия: любой труд в производственной или непроизводственной сфере должен оцениваться не начальником исполнителя этого труда, а исключительно потребителем;
первый президент России Б. Н. Ельцин умер в 1996 году, и до 2007 года его замещал двойник или двойники;