Часть экспозиций была закрыта из-за недовольства общественной организации политолога Сергея Кургиняна «Суть времени», писавшей открытые письма губернатору и президенту против музея, в чём их поддержали некоторые ветераны пермской системы исполнения наказаний. В 2014 году музей подвёргся многократным проверкам со стороны городской и районной прокуратуры, ОБЭПа, антиэкстремистского центра «Э» при краевом ГУ МВД, попутно оперативники посещали и самих работников музея[2].

В 2014 году местный минкульт не выделял «Перми-36» субсидии более полугода — с 1 января по 8 июля, из-за чего возникли долги перед поставщиками коммунальных услуг и сотрудниками. Вследствие этого в апреле музейный комплекс оставили без воды и тепла, возникли арбитражные иски от контрагентов. Летом «Пермь-36» с одобрения Семаковой посетили сотрудники НТВ, в итоге выпустившие для программы «Профессия — репортер» сюжет под названием «Пятая колонна», негативно освещающий работу музея. При этом по территории музея съёмочную группу водили не экскурсоводы, а упоминавшиеся бывшие лагерные охранники[2].

В июле 2014 года по указанию нового руководства «Перми-36» начали распиливать ворота шлюза, через который заключённых ввозили в лагерь. По словам Семаковой, «Никаких действий в отношении зданий и сооружений, относящихся к объектам культурного наследия и наносящим им вред, государственным музеем не осуществлялось», а сами ворота не были должным образом маркированы

В начале октября 2014 года конфликтующие стороны встретились у первого замглавы администрации президента Вячеслава Володина. Было принято решение о создании специального органа — совета по развитию музея «Пермь-36», который состоит из представителей общественности, членов АНО и чиновников и занимающегося решением всех вопросов, связанных с музеем. Председателем назначили Владимира Лукина; со стороны чиновников в совет вошёл руководитель администрации губернатора Алексей Фролов[2].

21 октября 2014 года в Перми прошёл митинг против музея. Пермские коммунисты вышли с лозунгами: «„Пермь-36“ — плевок в наших ветеранов» и «В „Перми-36“ оплакивают фашистских наймитов и захватчиков». Секретарь крайкома КПРФ по идеологии Геннадий Сторожев говорил со сцены: «Сейчас, когда в Донбассе продолжается кровавая бойня, а по улицам городов Украины открыто и нагло маршируют с факелами неофашисты, содержать и лелеять организацию, оправдывающую и героизирующую бандеровцев, — недопустимо![2]»

3 марта 2015 года АНО «Пермь-36», исчерпав все возможности в переговорном процессе с краевой властью о сохранении музея в прежнем виде, объявила о прекращении своей деятельности и начала процедуру самоликвидации