Наделение НКО статусом организации, выполняющей функции иностранного агента, возлагает на нее дополнительные обязанности, в частности:
-предоставление в уполномоченный орган отчета о своей деятельности, о персональном составе руководящих органов – один раз в полгода;
-предоставление в уполномоченный орган документов о целях расходования денежных средств и использования иного имущества, в том числе полученных от иностранных источников, – ежеквартально;
-предоставление в уполномоченный орган аудиторского заключения – ежегодно;
-размещение в Интернете или предоставление СМИ для опубликования отчета о своей деятельности в объеме сведений, представляемых в уполномоченный орган или его территориальный орган – один раз в полгода;
-указание в материалах, издаваемых и (или) распространяемых НКО-иностранным агентом, в том числе через СМИ и (или) с использованием Интернета, что эти материалы изданы и (или) распространены НКО-иностранным агентом.

В случае, если НКО, выполняющая функции иностранного агента, не подала заявление о включении ее в реестр, Минюст России и его должностные лица имеют право приостановить своим решением ее деятельность на срок не более шести месяцев. При несогласии с таким решением НКО вправе обратиться в суд или предоставить в Минюст России заявление о включении ее в реестр. При обжаловании решения в судебном порядке Минюст России должно будет доказать законность принятого решения и предоставить суду доказательства о соответствии некоммерческой организации признакам (критериям), позволяющим определить ее статус как НКО-иностранный агент.