По информации властей СРЮ, с 24 марта по 10 июня 1999 г. общее число погибших гражданских лиц составило свыше 1 700 человек, в том числе почти 400 детей, порядка 10 тыс. серьёзно ранены. Без воды остались около 1 млн человек, 500 тыс. человек остались без работы, тысячи — без крыши над головой[12]. Без вести, по данным ООН, пропал 821 человек, большинство из которых — сербы. Операция «Союзная сила» унесла жизни людей и после своего окончания, НАТО использовало в боеприпасах радиоактивный обеднённый уран[17].

НАТО применяло кассетные бомбы[128].

По информации генерала Спасое Смилянича, в ходе войны погибло около 500 и было ранено более 900 мирных жителей[129]. От действий авиации НАТО погибли 88 детей. Личность 22 из них экспертами не была установлена. Трое нерождённых детей погибли в утробах своих матерей[130].

Правозащитная организация Human Rights Watch насчитала 90 инцидентов, в которых погибло в общей сложности от 489 до 528 мирных жителей. Избыточная смертность в результате ухудшения условий существования не поддаётся оценке[11].

Главными жертвами бомбардировок стали мирные жители. Как признал недавно спецпредставитель ООН по правам человека в бывшей Югославии Иржи Динстбир, балканская операция НАТО привела к большему числу жертв среди мирного населения, чем сам косовский конфликт, ради разрешения которого она якобы была предпринята[131]

Данные из рапорта НАТО за период с 10 июня 1999 по 27 февраля 2000, Косово:

Число террористических нападений - 4354 (югославская армии уже покинула край). Из них: 4121 на сербов и черногорцев, 96 на албанцев, лояльных к сербам, 137 на цыган, турок и др.
Число пропавших без вести - 821 человек, из которых 757 сербов, 37 албанцев, 27 других национальностей.
Число убитых – 910 человек, из которых 811 сербов, 71 албанец, 28 других национальностей.
Ранено 802 человека. Соответственно 751 серб, 20 албанцев, 31 остальных[127][неавторитетный источник?].